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OD260/OD280用于评估分子纯度，该比值小于1.8时表明蛋白质含量较高，比值大于2.0时表示RNA含量较高，而比值在1.8至2.0之间则暗示DNA较为纯净。OD260与OD230的比值能帮助判断核酸中残留的盐和小分子杂质程度，对于纯净的核酸制品，OD260值应大于OD230值，小于2说明去盐不充分。
用于细胞转染的质粒大提浓度应达到300ng/μL以上。碱基的平均分子量为324.5。合成公司提供的引物成品通常会标注OD值，通常情况下1个OD相当于33μg。
Tm值的计算方法包括一个简单的公式（适用于小于18个碱基的引物）：Tm=4℃×(G+C)+2℃×(A+T)。更复杂的公式（取决于盐浓度）：Tm=81.5+16.6×(Log10[Na+])+0.41×(%G+C)-675/n。其中n表示碱基数，[Na+]表示一价的钠离子或钾离子的浓度。
蛋白分子量估算公式为N×110Da，其中N表示氨基酸数量。
增加PCR特异性可通过调整镁离子浓度实现。镁离子对PCR的多个方面都有影响，包括DNA聚合酶活性、引物退火和PCR产量与特异性。对于包含20μM dNTP的典型PCR起始浓度，最佳的镁离子浓度通常在1.5mM左右（注意：对于实时定量PCR，使用3到5mM带有荧光探针的镁离子溶液更为适宜）。较高浓度的镁离子能增加产量，但同时会增加非特异性扩增，降低忠实性。确定最佳浓度时，建议从1mM到3mM，以0.5mM为增量进行镁离子滴定。
PCR添加剂的使用也能提高产物的特异性和产量。这些添加剂包括甲酰胺、DMSO、甘油、甜菜碱以及PCRx Enhaoncer Soultion等，它们可能通过降低熔解温度，帮助引物退火并辅助DNA聚合酶在二级结构区域延伸来发挥作用。为获得最佳结果，需优化添加剂的浓度，特别是对于抑制TaqDNA聚合酶的DMSO、甲酰胺和甘油。
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